Dizi, Fox Mulder ve Dana Scully adlı iki FBI ajanının maceralarını konu almaktadır. Dizide, ajan Fox Mulder ve Dana Scully FBI'ın Gizli Dosyalar departmanına atanmış iki ajandır. Bu departman çözülemeyen, tuhaf ve paranormal olaylarla ilişkisi bulunan dosyalardan sorumludur. Ajan Fox Mulder, paranormal olaylara ve uzaylı komplosuna "inanan" bir bakış açısı sergilerken Ajan Dana Scully ise bilimi rehber alan kuşkucu bir tavırla hareket eder.
Sigara İçen Adam planını devreye sokarken, Mulder ve Scully kayıp oğulları William'ın peşine düşüyor.
