İkinci Patlama'dan on beş yıl sonra Shinji Ikari, korkunç Havariler'e karşı savaşan genç meka pilotlardan biri olarak babasının grubu Nerv'e katılır.
İnsan Tamamlama Projesi devam eder. Shinji dünyada tek başına yaşamak ile başkalarıyla bağ kurmak arasında tercih yapmalıdır.
